雲林縣北港地區與嘉義縣新港地區的古笨港遺址，是臺灣相當重要的歷史時期考古遺址，其所在區域內不斷有大量古物被發現，特別是雲林縣北港朝天宮中央市場所屬範圍，以及嘉義縣境所屬之崩溪缺、舊南港、板頭村一帶。

        民國100年11月24日至101年09月30日，本校藝術史學系受雲林縣政府委託，執行「雲林縣古笨港遺址範圍與文化內涵先期研究計畫」，執行期間完成了古笨港遺址相關地區的大範圍地表調查、鑽探、考古試掘，以及整合分析研究工作。該計畫之初步學術成果，已透過文博領域學科整合之研究，大致確認了古笨港之遺址範圍與文化內涵。

        於民國103年接續完成雲林縣政府委託，執行「古笨港遺址出土文物整理、修護與研究計畫」，此計畫為延續先期內涵調查，結合了藝術史古物研究、文物修護，將前期計畫出土文物進行完整整理、修護以及檢測工作。